Fundatorem klasztoru w Stopnicy był Krzysztof Ossoliński, sandomierski wojewoda, a poprzednio starosta stopnicki. Dla fundacji konieczna była aprobata królewska – stosowną zgodę Władysław IV podpisał 22 marca 1633 roku. Klasztor zbudowany został „w części ogrodu grodu stopnickiego, w kierunku wioski zwanej Konty”. Tereny na których powstał klasztor „zwalniamy od wszelkich serwitutów, danin i obciążeń nam należnych, a przypisujemy niezawisłości kościoła” – zdecydował w wydanej aprobacie monarcha.
Uroczyste wprowadzenie zakonników do nowowybudowanych obiektów nastąpiło w roku 1648. Charakterystyczną cechą stopnickiego obiektu były duże pomieszczenia dla świeckich gości – zwane foresteria. Umieszczono je w północnej części klasztoru. Być może ich wielkość wynikała z racji odbywanych w Stopnicy sejmików. W roku 1648 klasztor najechali Kozacy, w 1655 zniszczyli go Szwedzi, a w 1657 żołdacy Rakoczego.
W roku 1682 rozbudowano klasztor powiększając ku północy wschodnie skrzydło. Klasztorne budynki były piętrowe; nakrywały je dwuspadowe dachy. Pomieszczenia parteru były sklepione, a na piętrze były drewniane stropy. Oprócz piwnic, pod wschodnim skrzydłem znajdowała się jeszcze jedna kondygnacja podziemi – być może wykonana jako schron dla zakonników w przypadku napaści, bowiem wejście do niej było ukryte.
Po upadku powstania styczniowego, mimo zaangażowania w powstańcze walki aż 12 zakonników, klasztor jakoś uniknął kasaty, choć nie wolno było przyjmować do niego nowych zakonników. Gdy w roku 1885 zmarł ostatni ze stopnickich reformatów, stopniczanie – by nie dopuścić do dewastacji obiektów - uprosili władze, by sprowadzić tu jednego zakonnika. Podczas I wojny światowej w klasztorze tymczasowo umieszczono urząd gminy. Po zakończeniu wojny przystąpiono do remontu i aż do następnej wojny klasztor funkcjonował bez zakłóceń. Jesienią roku 1944 Stopnica stała się miejscem intensywnych działań wojennych. Miasto uległo niemal całkowitemu zniszczeniu. Kilka rodzin, z braku dachu nad głową, zamieszkało w klasztornych murach. Wyprowadzili się dopiero w latach 70. W klasztorze sukcesywnie, ale bez pośpiechu, prowadzono prace remontowe.
W październiku roku 1979 klasztor opuścili reformaci, a przejęli go serca-nie. Przekazane im obiekty dalekie były od kwitnącego stanu, toteż prócz obowiązków wynikających z zakonnej reguły, sercanie musieli bardzo intensywnie zająć się „problematyką” remontowo-budowlaną. Mimo trudności ze „zdobyciem” materiałów budowlanych, bo schyłek lat 70. i początek 80. były pod tym względem wyjątkowo niesprzyjające, zasadnicze prace remontowe zakończono w roku 1983. W roku 1986 podjęto prace przy przebudowie kościoła (który wcześniej powstał z kaplicy, po przebudowie stajni). Wynikało to z potrzeb, których podstawową przyczyną było erygowanie tu w roku 1986 nowej parafii pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy. Dziś klasztor i otacza-jące go ogrody wyglądają wprost kwitnąco.